歷史沿革
清光緒八年(公元1882年)，淡水知縣王彬林來台履任時，將呂仙祖由山西永樂宮分靈迎奉來台，起初供奉在艋舺(今萬華)玉清齋，其後景美地區景美街一帶的鄉民因傳染病傷亡甚多，當地仕紳乃將呂仙祖神像請到景美救災，傳染病漸漸平息。因此鄉人將呂仙祖神像移尊至景美山巔岩石下，放置石製香爐以供信徒們焚香膜拜。嗣後鄉民又搭建簡易寮舍供避風雨，並於民國十六年(公元1927年)向台電公司申請接電，於同年4月裝表供電。
據傳言光復後，某天有位牧童在景美山發現山巔上有顆巨大岩石上顯露有相當清晰可見「足印」，鄉人稱奇。致流傳著：有稱言是"呂祖純陽仙公(呂洞賓仙翁)"者，亦有稱係"童子仙劉海仙翁的三吋足印"之童腳痕，所下凡顯靈在此巨石上留存足印痕仙跡的神話。
民國三十五年間，景美鄉親們已有所共識，不分老少男女，各界善男信女人士一致虔心奉獻，出錢賣力地進行建廟工作，工程順利展開。景美地方人士即時組成「景美風景區古蹟保存建設委員會」，公推地方名人篤儒、台灣著名文化宿耆--林佛國先生為第一任主任委員，然再由第二任主委林黃鐘先生、第三任主委林金水(遠堂)先生等，率領地方熱心人士於民國四十一年八月二十四日(農曆)正殿初建完成第一期工程。
民國四十八年十月間首次增建完成，鄉民們皆盡其所能為仙跡巖修廟效勞奉獻，以刻苦耐勞，奮勤勵設計策畫經營，擴建登山步道、砌石台階、整築排水系統以防土石流，遍植野櫻花樹、移植樹木及種植花草，以維護山坡地域安全。更有熱心鄉民人士以義工方式每天上山勒石壁，並題勉勵語文，精心雕刻，如美猴王頭、東方美人頭、大象頭及蟾蜍頭等傑作，頗令人賞心悅目，促增登山步道之美感景觀，並築設路燈照明、涼亭及石桌石椅，以便登山者休歇之用。始有如今前山後山之長壽路、登山坡、凌雲路、明遠台、逍遙嶺、御風亭、根抱石，以及仙跡岩上之足印等八大名勝之稱言。
民國四十八年十一月一日起主事仙跡岩係由生性儉樸、慈祥和煦、談吐風趣、克己待人、德高望眾的謝木海先生擔任第四屆主任委員，與其夫人謝潘職女士及劉土水先生、劉郁華女士共同經營廟務，方式則以先賒帳後再付款方式，如向銘乾建材行、啟山木材行、永昌油漆行皆是，然續募捐以擴建廟宇，設置"休閒活動場所"，供早覺會人員健身晨操、創建"仙跡岩圖書館"，以便進修學生有清幽閱讀環境。成立「仙跡巖慈善委員會」發放食米、布施棺木給貧困鄉民，並組織「仙跡巖誦經團」，以備祭典誦經及贊助往生者招魂昇往極樂世界，重建生命。直至民國七三甲子年農曆十月十二日，以奮勉經營仙跡岩三十餘年，不幸辭世，享年七十六歲。逝世後很湊巧地連他的墓園剛好築在興福山麓朝向仙跡岩，仍深表關懷仙跡岩，故其好友施學樵先生在墓園碑文上特地題勒著：「仙跡岩長在，仙公對面居，吉人佔福地，功業勒碑書。」另一句「寺廟慈心建，事功萬世存，仙巖留有跡，瞻仰永懷恩。」。
民國七十四年由監察委員許炳南先生改組為「台北市景美區風景區古蹟保存委員會仙跡岩辦事處」，以本岩董事長之職主持仙跡岩重責，並續由劉土水先生掌管財務，劉郁華女士擔任事物工作輔佐推展廟務。因當時信徒日漸眾多，廟庭狹窄，每逢祭典之時實不敷使用，故經眾議一致同意，將仙跡岩擴建廟基，在擴建仙跡岩拜亭及禪房工程之舉，並在景興路243巷口處興建牌樓門為現主要入口處，拓建登山步道及側邊興建安全水泥護欄，再增多處水泥休歇涼亭，供民眾泡茶休閒用，徵求環保局建設"標準衛生公廁"、登山路程指示標及地標圖示，並設置"自然生態植物"不鏽鋼解說牌，以完整的自然環境，明顯展示仙跡岩有豐富的生態資源，以提供學者及學生們有"自然生態"研究的好地方，於民國七十六年仲夏，才告完成此項工程。
組織架構延續使用至民國八十八年仲秋再改組成「第六屆景美仙跡岩管理委員會」，成員計十一名，票選謝茂雄先生擔任主任委員。仙跡岩廟宇已歷經五十餘年建築物，正殿屋頂久而失修，到處漏水，電路負荷不了，致使神人皆不安，眾信徒皆感觸目驚心，勢必需立即徹底修復，否則惟恐屋頂將有坍塌之虞。決議由仙跡岩管理委員會全體委員們協議全力以赴，緊急從事辦理招標修建工程，得以加強堅固結構美貌廟觀及增設環境安全措施等，歷經約一年半之久，才施工完成，廟貌煥然一新，更增莊嚴偉觀。登山朝拜信徒遊客日漸增多，確為早晚或假日扶老攜幼全家親情活動、民眾休閒身心健康好去處。
民國九十二年至一０三年間由許培國先生、許新榮先生、劉樹春先生擔任第七、八、九屆管委會主委，其任內籌措財源整修正殿屋頂防漏、電力設施、結構補強、屋頂加裝鋁鋅琉璃鋼瓦，通道增設採光罩，並設置太歲殿等工程。
民國一０三年為順利擴展廟務，將僅以管理廟務之委員會，改變擴展以社會慈善服務為導向之公益團體，是年八月十八日設立「台北市仙跡岩慈善會」，並由劉樹春先生擔任第一屆會長。
民國一０八年六月劉雙全先生由票選接任第二屆會長，同年七月變更名稱為「台北市仙跡巖慈善會」，嗣於民國一０八年八月二十一日經法院公證登記為法人團體，名稱登記為「社團法人台北市仙跡巖慈善會」。劉會長接任後，仍賡續前賢理念積極推動廟務，並擴大社會參與，拋磚引玉捐贈新台幣壹千貳百萬元，價購本廟所座落土地廟產，規劃整修地藏王菩薩殿左右兩側封存一甲子的閒置空間，做為文衡、文昌、財神殿及藏經閣等使用，並整修原圖書館及地下一、二層等低度利用空間，作為藝文、休憩、開會及運動場所使用。
民國一０九年五月六日(農曆四月十四日)適逢呂仙祖聖誕紀念日，完成土地公與土地婆安座暨建立本廟歷史沿革揭碑儀式及整修工程竣工典禮。是日同時將「山神」移置至地藏王菩薩殿右側房間內供奉。